Egy teszt típusú Zoanoid három Guyver egységgel menekül a Kronos Corporation elől. A Kronos-katonák megpróbálják visszaszerezni az egységeket a teszt típusából, de meghiúsítják őket, amikor a teszt típusú bomba felrobbant, amelyet a táskájában rejtett el. A Guyver egységek szétszóródnak a robbanásban. Két fiatal középiskolás diák, Sh? Fukamachi és Tetsur? Segawa, botorkáljon egy elveszett Guyver egységre, amelyet „I. egységnek” neveznek. A másodikat Kronos visszanyeri, és Oswald A. Liskerrel egyesülve később Guyver lesz. A végső egység Agito Makishima kezébe kerül, aki meghatározatlan időben összeolvad vele. SH? véletlenül aktiválja az egységet, amely aztán fájdalmasan összeolvad vele.
Idővel Sh? többet megismer a Guyverről és annak képességeiről. A Guyver gyakorlatilag sérthetetlen, egyetlen gyenge pontja a Control Metal. Ha ez a rész sértetlen, újjáépítheti a gazdagépet az abban tárolt adatokból. Ha ez a rész megsérül, akkor a gazdaszervezetet az egység életben eszik, és elpusztul. Ez zavaró és Sh? megkérdezi, vajon szabadon marad-e a Guyver-től. A helyzet fokozatosan rosszabbodik, ha folyamatosan erősebb zoanoidok jelennek meg. Ez egyre nehezebbé teszi a halhatatlan barátainak védelmét.
