A menekülő hallgató Ninja Hayate

Hayate Shinobu nem a szokásos 3. osztályos; szökött nindzsa, aki tovább folytatja az iskolák áthelyezését, hogy elkerülje az üldözőket.
Ha elkapnak, az egyetlen dolog, ami rá vár, a halál.

Másrészt az üldözők számára a halál is az egyetlen módja annak, hogy ellensúlyozzák küldetésük kudarcát.
Hayate homeroom tanára szintén ninja, és úgy döntött, hogy végrehajtja a Hayate-t, hogy megvédje a ninja-kódot, annak ellenére, hogy az Oktatási Tanács ellenvetéseket tett, és ennek ellenére saját kínja.

Hayate-nak számos nehézséget kell legyőznie, amikor rendes általános iskolai tanulóvá válik.