A Last Order akkor kezdődik, amikor a Desty Nova nanotechnológiája feltámasztja Alitát az úszó Tiphares városában. A város fekete titkai gonosz módon vannak kitéve, de úgy tűnik, hogy ez egy bonyolult világ egy kis része. A régi és új vállalatokkal együtt az űrbe megy, hogy többet tudjon meg elfelejtett múltjáról és ugyanúgy, és hogy elveszett palotáját, Lou Collins után kutasson. Útközben szövetséget köt három Alita Replicával, akik most kezdtek el hinni magukban, egy gusztustalan szuperhackerrel, és magával Novával, amikor belép a dolgok zenitje (ZOTT) versenyébe, amely 10 évente kerül megrendezésre. Beleértve azt a módot, ahogyan a Föld megjelent egy kataklizmatikus télen, amely az elbeszélés teljes időtartama alatt kiirtotta a nyilvánosság többségét, több olyan előzményt mutatunk be a Battle Angel Alita beállításával kapcsolatban, amelyet a korábbi húr nem tett közzé.
