2065-ben a Föld a Nova nevű további dimenziós idegenekkel folytatott háború középpontjában áll. A fegyveres erők fejlesztik és képezik Pandorast, lányait, akik a Stigmata (Seikon) nevű speciális genetikai szövetet felhasználhatják emberfeletti harci fegyverrendszerek és készségek bemutatására. A Pandorákat támogatják a Limiters nevű férfi partnerek, akik különös „befagyasztási” hatásköröket használnak versenyük szabadságának korlátozására.
Ezen korlátozók bármelyike Kazuya Aoi, akinek néhai húga Pandora volt. Kazuya találkozik egy erős Pandorával, a Satellizer el Bridget-vel, akinek becenevét az Érinthetetlen Királynő kapja, érzéketlen stílusában és rendkívüli afefóbiájában, miközben részt vesz a japán West Genetics Academy-n. Annak ellenére, hogy iskolatársai arra intettek, hogy meneküljenek a Satellizer elől, Kazuya megbarátkozik, és kéri, hogy legyen a Limiter. A Satellizer beleegyezik, hogy társuljon vele, annak ellenére, hogy hamarosan egy szerelmi viszonyba esik Rana Linchen néven, aki úgy véli, hogy Kazuya a lelki társa, miután számos harcban támogatta a változó pozíciók és tanfolyamok főiskolai ellenfeleit. Amikor a Novák megtámadják főiskolájukat, és az irányításuk alatt álló Pandorákat használják, hogy hozzáférjenek az intézmény földalatti laboratóriumához, versenyük elmarad.
A Satellizer és Kazuya a West Genetics néhány tanulójával egy alaszkai laboratóriumba csatlakoznak, ahol segítséget nyújthatnak az Evolution Pandora (E Pandora) feladatban, lehetővé téve a normális nők számára, hogy a Stigmata-transzplantációk Pandorákká váljanak. Amikor az egyik E Pandora dühöng, a többiek azt kérdezik, hogy a kísérletben szereplő gyógyszerek nem veszélyesek-e, de engedelmeskednek-e az üzleti szervezet és a vezető kívánságainak. Az E-Pandora Amelia Evans, miután megállapította, hogy amíg el nem fogyhatók, felhasználhatók lesznek, egy lázadást irányít, amely teljes mértékben átmérgesedik a Nova Clash-en.
Kazuya többet megtud családja kapcsolatairól a Novával, valamint a Pandorával. Kazuya nagypapája, Gengo Aoi ugyanazt az állást találta meg, amely a Rana és a Satellizer egyedülálló csapatába állítja a Valkyries nevű nőket. Mindazonáltal, az egyedi tervezésű Nova-val, amely dummy-val, a demonstrációs tevékenység során a Pandorák téveszméket tapasztalnak, valamint a Nova dummy a Nova 100-as legiójává válik, amely megdönti a genetikát. Gengo ezt azzal ellensúlyozza, hogy felszabadítja a legendás Pandorákat, akik Kazuya nagynénik. A Chevalier azon törekvése, hogy meggyilkolja Gengót, több Busters nevű elítélt alkalmazásával, amikor a legendás pandorák közül néhány halálos Novává változik, de a feladat szétesik.
